蓝藻毒素是由一种叫做蓝藻的光合细菌产生的, 对人类和动物都有剧毒. 对国内外, anatoxin-a, 蛤蚌毒素, BMAA, 和圆柱形精子蛋白酶是通常出现在新泽西州水域的蓝藻毒素的例子. 急性接触这些毒素会引起皮肤刺激、恶心和腹泻. 对人类健康的影响取决于所涉及的具体毒素:微囊藻毒素和柱精子蛋白酶抑制正常的肝功能, 而阿那托毒素a会损害神经系统. 已经制定了饮用水和娱乐用水的健康建议，以尽量减少接触微囊藻毒素, anatoxin-a, 蛤蚌毒素和圆筒精子素.
在NJCWST, 我们通过了新泽西州环境保护部门的认证，可以准确测定地表水中微囊藻毒素的总量(USEPA方法546). EPA方法546采用酶联免疫吸附法(ELISA)定量Adda氨基酸侧链, 一系列微囊藻毒素变种共有的化学结构. ELISA方法已经建立并广泛应用于饮用水和地表水中蓝藻毒素的定量. 我们也提供酶联免疫吸附试验定量anatoxin-a, 蛤蚌毒素, BMAA和柱状精子蛋白酶. 每种蓝藻毒素可能由具有广泛化学结构的变体组成. 而ELISA则量化了一组具有共同化学结构的变异, 液相色谱-质谱法/质谱法(LC-MS/MS)能够定量较低浓度的氰毒素的特定化学变体(USEPA方法544和545).
监测有害蓝藻华的另一种方法是使用实时聚合酶链反应(qPCR)定量蓝藻和产生蓝藻毒素的蓝藻。. 与使用ELISA进行人工显微细胞计数或蓝藻毒素定量相比，这种遗传分析提高了检测的灵敏度. 遗传方法可以作为一种筛选工具，以减少需要细胞计数，从而加快有害蓝藻华的确认过程. 在NJCWST, 我们提供定量的蓝藻和优势分类群以及蓝藻毒素生产标记(微囊藻毒素, anatoxin-a, cylindrospermopsin, 和蛤蚌毒素).